Вот эти две строчки очень странные.
Насколько я понимаю, у вас получится два экземпляра nginx.conf,один в папке /etc/nginx и второй в папке /etc/nginx/conf.d.
И вообще, если nginx.conf это то что написано выше, то это точно неправильно.
Vincent1, почитайте как работает JS и event loop.
Скрипт работает в один поток, просто нода хорошо умеет «делегировать» сетевые запросы в операционную систему.
Но однопоточность скрипта легко проверить воткнув бесконечный цикл в любом месте и убедится что любая обработка сетевых запросов прекратится.
