Abbyy скорее использует свой опыт сканирования и распознования документов. Всегда можно сделать из pdf картинку и свести задачу к предыдущей. А информацию из pdf использовать как подсказку для системы распознования
Для начала осознать, что в вебе нет файлов, есть только адреса.
Я на 146% уверен, что в конфиге nginx есть кусок вида location ~ \.(jpg|png|gif|pdf)$ { ... } и в нём не настроена (или настроена по другому) обработка ошибок.