Стоит понять зачем у вас такая странная развесистая структура файлов. Может быть её стоит переделать и упростить.
Ну и node_modules не обязан содержать только чужие файлы.
Откуда у вас взялось 6.6?
Формально всё верно. 6.600000000000001 не равно 6.6 и, видимо, var_dump пытается напечатать напечатать красиво, поэтому не показывает много нулей