TL;DR похоже у вас папка bitrix это сабмодуль (т.е. самостоятельный репозиторий), так что .gitignore тут вообще не играет никакой роли, смотрите что именилось в сабмодуле.
> Яндекс предоставляет выбранный домен в пользование только для адреса вашей почты. Разместить на домене отдельный сайт, подключить к нему другие почтовые адреса или использовать в качестве домена организации не получится.
Потому что крышка (^) имеет значение отрицания только сразу после открывающей квадратной скобки. В остальных местах это просто символ. Т.е. ваше правило разрешает в качестве первого символа большие и маленькие буквы и два символа крышку (^) и подчёркивание (_)
git status --ignore-submodules