Денис _______________

XWiki — это вики второго поколения, написанная на на языке Java, лицензия распространения LGPL, функциональность включает в себя блог, инструменты API, комментарии, аутентификацию по LDAP, экспорт страниц в PDF. Так же есть возможность программирования скриптов (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP) и поддержки синтаксиса популярных Вики-движков (Confluence, JSPWiki, Creole, MediaWiki, and TWiki). Используется многими компаниями по всему миру. 25 языков интерфейса, включая русский.
www.xwiki.org

Использую XWiki. Мои статьи про нее:
https://habr.com/ru/post/265811/
https://habr.com/ru/post/279101/

XWiki — это Вики-движок второго поколения, который характеризуются возможностью структуризации информации и программного доступа к базе вики. Написан на языке Java, лицензия распространения LGPL, функциональность включает в себя блог, инструменты API, комментарии, аутентификацию по LDAP, экспорт страниц в PDF. Используется многими компаниями по всему миру. 25 языков интерфейса, включая русский. Так же более подробно желающие могут сравнить на wikimatrix с наиболее распространенными в Рунете Вики-движками: DokuWiki и MediaWiki.

Этот Вики-движок привлек потому что он достаточно дружелюбен и прост для работы пользователей и море настроек для админа, а так же поддерживает скрипты Velocity, Apache Groovy, Python, Ruby и PHP (правда для последних 3х нужно ставить бесплатные плагины)

Есть портативная версия, я здесь выкладывал проапгрейженную и настроенную под себя 10ю версию - вики-движок с плагинами которых много (сейчас к них актуальная версия движка №12). https://vk.com/xwiki_wiki
Я у себя кручу на связке Oracle 11g + GlassFish, но можно использовать портативную версию на связке Jetty и HSQLDB, можно поднять и на TomCat'е, есть поддержка MySQL, PostgreSQL. А еще все это замечательно работает и на линукс, я бы рекомендовал хост на линуксе для работы этой вики, т.к. в винде до сих пор есть проблемы при открытии файлов если длина пути превышает порядка 255символов (это справедливо для того случая, если вы в настройках указали сохранять вложения на диск, а не в БД)

Посмотрите в сторону xwiki, там в базовом функционале есть обсуждение любой страницы, а так же есть возможность прикреплять заметки-аннотации прямо на текст, которые в свою очередь отображаются как выделен е такста маркером с всплывающей подсказкой при наведении курсора, а так же как сообщения в обсуждении. Выглядит это примерно так
https://youtu.be/KXn5Sudv3I4
Из минусов для администрирования надо разбираться, да и сама система написана на java со всеми вытекающими плюсами и минусами. Есть интегрция с оффисами, поддержка скриптов и стандартов оформления текста, много расширений, поддерживает русский, но на русском мало инфы, большая часть документации на английском

Если дизайн не принципиален, то чем не любы вики-движки? Среди них полно тех кто поддерживает скрипты, я использую XWiki, написанная на на языке Java, лицензия распространения LGPL, функциональность включает в себя блог, инструменты API, комментарии, аутентификацию по LDAP, экспорт страниц в PDF. Так же есть возможность программирования скриптов (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP) и поддержки синтаксиса популярных Вики-движков (Confluence, JSPWiki, Creole, MediaWiki, and TWiki)
https://habrahabr.ru/post/279101
Если будет интересно дам ссылку попробовать на уже настроенную версию (только в приват)

XWiki, поддерживает экспорт в PDF/HTML, скрипты (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP) и поддержки синтаксиса популярных Вики-движков (Confluence, JSPWiki, Creole, MediaWiki, and TWiki)
www.xwiki.org

Только писать самому. Вам нужно копать в сторону скриптов и документации к ним.
Если говорить о вики-движках, то я бы рекомендовал обратить внимание на xwiki
www.wikimatrix.org/compare/DokuWiki+MediaWiki+XWiki
Или поискать более дружелюбный к скрипту движок.

xwiki:
- как и любой вики-движок позволяет гибко настраивать права доступа, как по группам, так и для отдельных пользователей;
- нет ничего проще - внутри Сайта вики-движок позволяет создать сколь угодно большое число субвики, со своими локальными/глобальными пользователями, правами, привилегиями, настройками, плагинами, скинами и т.д.;
- по умолчанию позволяет сохранять в pdf любую страницу, если поставить аддон, то якобы (я не тестил лично), можно выгрузить в pdf всю вики. Что касается поддержек других форматов, страницы из pdf, при условии что они набрана в редакторе xwiki, легко копируется в офис с последующим экспортом во все подряд;
- синтакс html поддерживается, как и программные скрипты (Velocity, Groovy, Python, Ruby and PHP), так же есть вариант для html с макросом;
- интерфейс переведен на многие языки, включая русский. Перевод и отображение текстов на русском языке корректен, проблем с кириллицей нет, кроме семантического поиска (формы слова "окно" и "окна" для внутреннего поиска одно это разные слова);
- есть поддержка OpenOffice (необходимо настраивать руками), WYSIWYG-редактор стандартный, при этом удобное переключение (2 вкладки) на обычный текстовый и обратно;
- если речь о ссылках -то:
поддержка русского языка упирается в механизм работы со ссылками, который для русского языка создает ссылки вида:
Wiki Home\Test page\страница с пробелами
http://*Ваш_сайт*/xwiki/bin/view/Test+page/%D1%81%...
На сколько я понимаю — это Unicode, или аналог. В принципе, если не зацикливаться на том что отображается в строке ввода ссылки в браузере, сам движок предложит создать ссылку вида:
[[страница с пробелами>>doc:Test page.страница с пробелами]] — это внутренняя ссылке, хотя он переваривает и внешние вида: http://*Ваш_сайт*/*Ваш_путь*

Пользуюсь xwiki. Пока что доволен, на мой взгляд лучшее решение для прямых рук.
www.xwiki.org/xwiki/bin/view/Main