У меня похожая ситуация с Pavel Shvedov. Тоже Ubuntu Server LTS на VBox, только я еще сделал чтобы эта виртуальная машина запускалась как служба, то есть не висит программа и не отвлекает. Работаю в PhpStorm через SFTP, еще использую программу WinSCP для SFTP доступа к Ubuntu.

получаются страшные задержки.

Может быть сам комп тормозной? Попробуйте поставить SSD диск.

+1 к WebView.
Или же реализовать на сервере RESTful API и писать полноценное приложение для мобильных платформ, тогда уже без PhoneGap