1. Как вариант можно не разворачивать у себя, а использовать https://bitbucket.org. Там можно бесплатно юзать его до 5 участников команды.
2. Я бы предложил использовать phpStorm вместо sublime text, так как там и документирование адекватное и дополнение кода и работа с git и много много полезных вещей.
3. phpstorm умеет писать адекватны phpDoc из коробки.
Можно сразу стартовать со 2-й, так как кардинальных отличий почти нету, а 2-я версия сразу прививает правильный code conventions и остальные вещи типа composer'а.
Ну на самом деле все очень просто, тут вопрос на каком языке вы хотите это реализовать? Если на php, то просто посмотрите работу с файлами, в официальной документации все подробно описано ;)
Ну этот подход вполне нормальный, к примеру в yii во view используется та же логика.
Но если так не нравится, то использовать только какой-нибудь шаблонизатор :)