В последнее время стало модно использовать на стороне сервера NodeJS, то есть тот же JavaScript. Это обусловлено тем, что стало возможно обходится без чуваков, которые пишут серверную часть на других серверных языках, и это сражу подхватили работодатели, оно то и понятно почему, зачем ещё содержать этих чуваков, если можно напрячь верстальщика, чтобы тот сварганил ему и back-end. Если выкинуть из NodeJS такие возможности как "асинхронность" и "многопоточность", то эта реализация ничем не лучше других, даже в некоторых местах хуже. Есть место и для NodeJS, где среди других он вне конкуренции, но полностью переписать и поддерживать back-end на JavaScript - это нужно быть либо фанатом JavaScript, либо упоротым!

Во-первых, зачем использовать в Zend Framework 2 Doctrine ORM 2? Вся идея и фишка самого ZF2 в том, что это чистый PHP. Именно поэтому он лучше всех показывает себя в производительности. Наверное ещё и шаблонизатор какой то используете, например twig...
Во-вторых, если вы и вздумали использовать ORM, тогда используйте framework Symfony 2, там она очень хорошо интегрирована, и предоставляются всевозможные решение той или иной задачи.
В-третьих, насчёт организации, действительно сущность должна хранить защищённые/приватные свойства, и методы доступа к ним. Все операции над получением данных, вы можете поместить в директорию Repository, и поместить методы в класс EntityRepository (вместо Entity вставьте наименование вашей сущности), так это делается в SF2. На самом деле вы вольны в выборе организации, и вы можете делать так, как того пожелаете. Например можете поместить всё это дело либо в Model, или в Service. Разумеется можно просто это дело запихнуть в Controller, но так делать не следует.
Выбор за вами...

Оправдана ли эта "дрочка" с установкой macOS? Если вам хочется пощупать саму ОС, то как ее пользователь могу сказать, что там нет ничего такого, из-за чего стоит так извращаться с установкой.
Единственное, что может вас заинтересовать, так это тот вариант, когда вам нужны способности юникса (хотя я в этом плане могу поспорить, потому что macOS - это ближе к Windows, нежели к unix-like, один костыль "brew" чего стоит) и вместе с этим возможность запускать различный софт, тот же Photoshop, или After Effects.
Как всем известно на unix-like надо сношаться с вайном, чтобы что-то из этого установить, и это уже реально надо иметь стальные нервы, и не только, чтобы запустить этот софт... Это даже слишком для меня, поэтому, собственно, это одна из причин, почему я использую макбук.