Где лучше хранить Логин и Пароль в web приложении?

Примерно так:
1. При регистрации пишете в файл пару логин - хеш пароля (например, md5)
2. При авторизации - читаете из файла и сравниваете с отправленными $_POST данными, не забывая при сравнении захешировать отправленный пароль. Т.е. сравниваете хеши.
3. Желательно использовать сессии.

Примера под рукой нет.

Как сделать кликабельным onclick в php?

Это у вас серверная часть так обрабатывает. Скорее всего, где-то перед выводом стоит htmlspecialchars. Если лень искать, напишите ревертивную функцию, преобразующую данные html-сущности в нормальные символы.

Как создать массив?

$arrray['field'] = $n;

Объясните как в js сделать исключение?

data: {id: id, qty: qty, size:size},
А поле size в отправляемой форме есть?

Рекомендации по использованию трейтов в PHP?

Пока не нашёл незаменимого варианта использования трейтов. Поэтому в своих кодах их не использую.

Как подправить скрипт?

Евгений Чефранов, я имел в виду, что проблема

Но скрипт подсвечивает только до пункта "Услуги" включительно

может быть связана с тем, что положение не подсвеченных пунктов может не соответствовать этому условию. Поэтому нужно вывести в консоль обработку этого условия для каждого элемента меню.

Как сделать меню через select?

<select onchange="location.href=this.value">
    <option value="http://domain.ru/"> URL first</option>
    <option value="http://domain.ru/"> URL second </option>
</select>

Как подправить скрипт?

Проверьте истинность условия

if (refElement.position().top <= scrollPosition 
          && refElement.position().top + refElement.height() > scrollPosition) ...

Как сделать доступ к функцоналу для определенных сайтов?

Например, CURLом. Не могу понять, что именно разъяснить?
Алгоритм:
1. Посылается запрос сайту-реципиенту на его "секретный" файл, который должен вернуть токен
2. Проверяется токен, сравнивается с базой
3. Выдаётся контент ифрейма.

Как вариант, можно из самого ифрейма через window.top яваскриптом узнать домен и сравнить со списком разрешённых.

Как сделать доступ к функцоналу для определенных сайтов?

WebDev, Нужно чтобы сайт сам отдавал этот токен. То есть, чтобы код в ифрейме проверял, тот ли этот сайт, и только тогда уже формировал внутренний контент. Например, в примитиве, можно обращаться тупо к PHP с
echo 'qere3idj34 ';
Таким образом, это не будет видно клиенту, а если ктото скопирует SRC ифрейма, контента внутри его не получит, потому что не пройдет проверку.

Убьют ли Web Components фреймворки?

Со временем - вполне вероятно.

Как сделать доступ к функцоналу для определенных сайтов?

Честно говоря, вопрос не совсем понятен.

На сколько я понимаю, из айфрейма нельзя узнать на каком сайте он установлен

Конечно можно.

Если я верно понял, и нужно проверять, показывать на сайте контент или нет, тогда нужно выдавать сайту специальные токены, а потом проверять их валидность перед выдачей контента.

Как получить индекс кликнутого элемента?

Отличный способ. Дам немного доработанный вид:

<ul>
<li>1</li>
<li>2</li>
<li>3</li>
<li>4</li>
</ul>

<script>
document.getElementsByTagName("ul")[0].onclick = function(e){
var t = e ? e.target : event.srcElement;
		while (t.parentNode !== this) {
			t = t.parentNode;
			if(!t) return;
		}
e.stopPropagation();
    alert([].indexOf.call(this.children, t) );
};
</script>

Как через js очистить кеш который сохроняет getElementById?

location.reload();
???

Что нужно дописать в скрипте чтоб активировать нужный мне таб при нажатии на определенную ссылку?

diana-staputov, не понял. Я дал готовый код , который решает проблему вопроса, но не переделывал ваш код. Используйте мое решение, скопируйте, проверьте работу, и перепишите свой код.
Собственно, изменений совсем не много нужно внести.

Как сделать такой же клик только на js?

Максим Ленский, а, квадратик еле заметный? Понял =) Уже глаза под вечер устали.

Как сделать такой же клик только на js?

Кликал по обоим - ноль эмоций.
Броузер - последняя Мозилла. В других не смотрел.

Как реализовать такой же pop-up как на сайте указанный ниже?

ответов.@JRK_DV, +1
Тоже не понял в чём вопрос. Там показ блока при наведении мыши. Вот эту фразу - в Гугл - и сразу куча ответов.

Почему не могу использовать глобальную переменную в классе?

А где вызывается этот метод close?

Что означает ${this.age} в строке?

Maxim Nepritimov, прошу прощения, погорячился. Коммент удалил.