Когда я впервые столкнулся с такой же проблемой (все требования соблюдены, но в вебмастере было оповещение об отсутствии Favicon), я написал в тех. поддержку Яндекса, на что Платон Щукин ответил:
Сообщение в Вебмастере показывается, так как фавиконки еще нет в поиске. Вебмастер проверяет ее наличие в актуальной базе, а не на сайте. Робот обошел вашу фавиконку, и она загружена в новую версию базы, но Вебмастер еще ее не видит. Вскоре после того как база обновится, фавиконка попадет в поиск, а сообщение исчезнет.
