Редизайн, наоборот, положительно повлияет на SEO. Например, при сохранении стратегически важных элементов (урлов, микроразметки, метатегов, если они все еще актуальны) - можно добавить ссылки на социальные сети (если у вас есть страницы в соцсетях), добавить возможности комментирования, шеринга, прочих социальных реакций для пользователей, добавить клиентоориентированные штучки (онлайн-консультации, возможность заказать обратный звонок и т. д.). Кроме этого, вы можете значительно улучшить навигацию для сайта, добавив привлекательности кликабельным инструментам (сменив текстовые элементы на графические), добавить динамики (выплывающее меню, слайдер, аккордеоны), а также оптимизировать изображения, сменив их формат на более современный. Во время редизайна надо помнить о повышении адаптивности сайта для всех мобильных устройств. И если интересны прочие факторы, которые могут быть изменены в процессе редизайна, то рекомендую почитать о факторах юзабилити сайта.