Karniwan

Почти так, как подсказал mrusklon только функция чуть другая. get_template_directory возвращает путь, а нам нужен URL - get_template_directory_uri.

<script type='text/javascript' src='<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/boot-file/bootstrap.min.js'></script>

Впрочем, этот способ все равно неправильный, скрипты и стили надо подгружать с помощью wp_enqueue_scripts()

у Вас в rozarii.ru/wp-content/plugins/perelink/perelink_bi... вызывается
jQuery.noConflict();

В качестве быстрого костыля: используйте jQuery вместо $ в main.js.

Далее, найдите способ убрать jQuery.noConflict(); из perelink_binet.js, от этого все проблемы. Подробнее тут: https://api.jquery.com/jquery.noconflict/

Кроме того, в том же файле используется live, который вроде как выпилен с 1.9 версии, есть шанс, что тоже сломается в этом месте.

Как вариант такое:
codepen.io/FeelEnergyCB/full/jPpayj
codepen.io/FeelEnergyCB/pen/jPpayj
Решение не финальное, его бы хорошо было бы допилить. Ну а так, для старта хотя бы=)