Отключить вряд-ли получится. Варианты решения:
1. Реализовать копирование из Excel отдельной кнопкой. В VBA обработчике копировать в буфер обмена только то, что нужно;
2. Обрабатывать буфер обмена "на лету" (сложно, но тоже реализуемо);
3. Обрабатывать вставляемый текст в Парусе. Судя по всему потребуется доработка используемого модуля, где вставляется текст.
Я вот почитал описание в 1с https://solutions.1c.ru/catalog/gis/features
там почти то же что вы написали, наверно вам надо проконсультироваться с фирмами разрабатывающими внедряющими решения на базе 1с.