По ограничению браузера очень важное замечание. Должна быть одна доменная зона, или, с дополнительными заморочками, поддомены. То есть не получится сделать кликер для другого сайта ;) Если же у нас одна доменная зона, то из айфрейма можно вызывать родительские функции top.myFunc(); или parent.myFunc(); То есть можно определить нужные события мыши в айфрейме и из них уже вызывать функции основного окна, этого должно хватить под все задачи. Если же нужно получить из родителя элемент айфрейма, то var myFrame = document.getElementById("myFrame");
$(myFrame.contentWindow.document).find("div")