Ix_Didicus

Лично я делаю так: нахожу какую-нибудь книгу (тут же, на тостере, можно найти десятки, если не сотни рекомендаций), и по мере того, как там описываются языковые конструкции, функции, библиотеки, примеры и т.п., тут же открываю блокнот/ИДЕ и пишу какой-нибудь код, синтетический пример с их использованием, иногда экспериментирую, компилирую и смотрю, что получилось.

А лучше всего написать что-нибудь своё, какую-нибудь простенькую программку (сначала консольную, потом можно и за ГУИ взяться), которая, например, парсит файлы или веб-страницы, или автоматизирует какую-нибудь рутину, или даже простенькую игру — короче говоря, пишите то, что интересно лично вам. Гарантирую, тогда будет и веселье, и грусть, и пасмур...
Если задумка окажется неподъёмной, попробуйте найти опенсорсные аналоги своей будущей программы и изучайте их исходный код, учитесь по образцу.
Никакие онлайн-курсы, задания и т.п. не заменят опыта настоящей разработки. Я не утверждаю, что они совсем не нужны, но необходимо параллельно заниматься и самостоятельной работой.

Посмотрите в сторону пакета java.nio.file.
Например, в классе Files есть интересный метод isSameFile. Я по-быстрому набросал вот такой код:

import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.FileSystem;
import java.nio.file.FileSystems;
import java.nio.file.Path;

public class UnixPath{
	public static void main(String[] args) throws Exception {
		Path path1 = FileSystems.getDefault().getPath(args[0]);
		Path path2 = FileSystems.getDefault().getPath(args[1]);
		System.out.println(Files.isSameFile(path1, path2));
	}
}

Мне пока лень перезагружаться в Линукс, но на винде он отработал как надо (я передал в качестве параметров настоящее имя папки и хардлинк, ведущий на неё же, выдало true). Даже если это не то, попробуйте внимательно изучить пакет java.nio, если где-то есть ответ на ваш вопрос, то, скорее всего, он там.
edit: Проверил в Линуксе на симлинке, тоже true.

В принципе, до меня уже всё сказали, я лишь добавлю, что стоит не только писать код самому, но и смотреть, как пишут другие. Ищите опен-сорсные проекты, интересные вам, загружайте, изучайте. Возможно, вам понравится такой вариант: написать небольшую програмку самому (напр., тот же блокнот), затем поискать опен-сорсный аналог (а лучше не один) и посмотреть, как к решению той же задачи подошли другие люди, сравнить со своим, возможно, что-то поправить у себя, перенести какие-либо идеи оттуда и т.д.

Насколько я понимаю, в тех же Eclipse, NetBeans и т.д., exe-шник — это не более, чем запускалка, JAR-ники просто спрятаны от глаз пользователя в каталогах программы, т.о., JRE всё равно требуется для запуска программы, exe-шник берёт на себя поиск Java-машины, подключает JAR-ники в classpath и запускает программу со всеми необходимыми для её работы ключами. С тем же успехом можно использовать даже простейший (или не очень) батник или shell-скрипт (можно подсмотреть примеры в папке bin/ Ceylon'а).
Если же цель именно в избавлении пользователя от необходимости качать JRE, смотрите в сторону Avian: oss.readytalk.com/avian

Что касается второго вопроса — насколько я знаю, самым распространённым методом защиты от исследования исходного кода в мире Java является обфускация. К примеру, её применяли в Minecraft. К сожалению (или счастью), это не очень надёжный метод.