Посмотрите в сторону пакета
java.nio.file.
Например, в классе Files есть интересный метод isSameFile. Я по-быстрому набросал вот такой код:
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.FileSystem;
import java.nio.file.FileSystems;
import java.nio.file.Path;
public class UnixPath{
public static void main(String[] args) throws Exception {
Path path1 = FileSystems.getDefault().getPath(args[0]);
Path path2 = FileSystems.getDefault().getPath(args[1]);
System.out.println(Files.isSameFile(path1, path2));
}
}
Мне пока лень перезагружаться в Линукс, но на винде он отработал как надо (я передал в качестве параметров настоящее имя папки и хардлинк, ведущий на неё же, выдало true). Даже если это не то, попробуйте внимательно изучить пакет java.nio, если где-то есть ответ на ваш вопрос, то, скорее всего, он там.
edit: Проверил в Линуксе на симлинке, тоже true.