type="module"
в таком виде как вы описали onclick не работает даже без ajax-а, пришлось в файле functions.js экспортировать класс export default PopupHandler;
,<script type="module">
import handler from "/simple/js/functions.js"
window.handler = handler;
</script>
<a href="#popup" class="header__phone popup-link" onclick="window.handler.open({action: `two`, title: `#TWO`});">Попап №2</a>
<a>
. Поменял на HTMLAnchorElement, но проблема осталась. (