Adik Izat, от туда конфиг и прикреплен к тикету.
/etc/nginx/sites-available/site1.ru.conf - хост где все работает,
/etc/nginx/sites-available/site2.ru.conf - второй хост где отдает 404.
Они аналогичны, различие только в путях к директории сайта и в хостах, по этому я не стал прикреплять второй conf
Adik Izat, не понял что вы имеете в виду. Сайты работают на nginx + php-fpm, настройка хостов вся в конфиге nginx, который я прикрепил.
Какие настройки еще прикрепить?