Для переопределения конкретных юнитов вместо ручного создания папки и файла удобно использовать:
systemctl edit юнит
Для переопределения для всех процессов системы, как было раньше через /etc/security/limits.conf, теперь можно сделать файл /etc/systemd/system.conf.d/limit.conf с директивой DefaultLimitNOFILE= и прочими
spoilerDefaultLimitCPU=, DefaultLimitFSIZE=, DefaultLimitDATA=, DefaultLimitSTACK=, DefaultLimitCORE=, DefaultLimitRSS=, DefaultLimitNOFILE=, DefaultLimitAS=, DefaultLimitNPROC=, DefaultLimitMEMLOCK=, DefaultLimitLOCKS=, DefaultLimitSIGPENDING=, DefaultLimitMSGQUEUE=, DefaultLimitNICE=, DefaultLimitRTPRIO=, DefaultLimitRTTIME=
указанными в справке
man systemd-system.conf