Собственно, в чем вопрос: в Debian 8 для части сервисов (в т.ч. nginx и apache) файлы конфигурации для systemd генерируются на основе скриптов в /etc/init.d, и попадают они в /run/systemd/generator.late/, и, как я понял, перезаписываются с каждым перезапуском системы.
Нагуглил, что LimitNOFILE необходимо прописывать по одному из путей:
/usr/lib/systemd/system/<servicename>.service
/lib/systemd/system/<servicename>.service
/etc/systemd/system/<servicename>.d/override.conf
Но, по вышеуказанным причинам, соответствующих файлов там нет, и что-то я совсем запутался.