Для правильного вопроса надо знать половину ответа
Структура базы данных тут простейшая, выбирать надо ту СУБД, которая умеет нативно работать с геоданными. Самое простое - MySQL, немного посложнее - PostgreSQL + PostGIS. Ставить базу, естественно, лучше на том же сервере, где будет работать веб-сайт.