Вот здесь хорошая статья -
https://habrahabr.ru/post/307282/
Один из лучших подходов, медленный рефакторинг. При разбиении на 2 команды, есть риск застрять на много лет с выпуском новой версии.
Если в index.php использовать только, без вызова ->run():
$application = new yii\web\Application($config);
То Yii2 вполне можно использовать для ускорения разработки, как набор библиотек. Переписать на него ядро текущего проекта, а потом и начать переключать отдельные части. Хотя могут быть конфикты, если у вас не используются namespace.
Так же можно использовать для переписывания части функционала в стиле микросервисов.