Как работать с разными версиями одного проекта?
Использовать систему контроля версий.
Различие между распределенной и централизованной - в централизованной есть центр, главный сервер от которого зависит работа приложения.
А в распределенной их много, и выход из строя какого-то из серверов не оказывает влияния на работоспособность приложения.
В классической схеме оплата идёт после работы и повторной диагностики. Кроме того, в классической схеме заключают договор, имеющий юридическую силу.