Нашел решение в отключении кэша в HtmlWebpackPlugin:

new HtmlWebpackPlugin({
      template: "./index.html",
      filename: "html/index.html",
      cache: false,
}),

В общем решил проблему одной строкой.
ИЕ как-то тупо реагировал не на эти стили, а на стили стороннего компонента выше по иерахии ДОМа.
Особенность рендера, что данные загружаются после моунтинга.
Видимо ИЕ принимал высоту контента без данных и не менял их после их подгружения.
Заменил у того верхнего родителя height: 100% на flex-grow: 1 и все норм стало