Использование in нужно избегать, если вы в нем не прописываете статичные значения, или известное кол-во переменных с альтернативными вариантами.
Более живенько будет работать с обычными join:
SELECT u.* FROM users u
JOIN pp1 ON u.id = pp1.id and pp1.organization = 1
union
SELECT u.* FROM users u
JOIN pp2 ON u.id = pp2.id and pp2.organization = 1
ORDER BY name
LIMIT 15
Или использовать exists в where - так вы планировщику даете понять, что можно не искать все варианты в подзапросе, а найти один, подходящий под условие.
SELECT u.* FROM users u
where exists (select 1 from pp1 where u.id = pp1.id and pp1.organization = 1 )
or exists (select 1 from pp2 where u.id = pp2.id and pp2.organization = 1 )
ORDER BY u.name
LIMIT 15
PS: Наличие однотипных таблиц pp1 и pp2 говорит о наличии ошибки проектирования базы данных. От видов сущностей pp у вас не должно плодится таблицы с pp. У таблицы pp должно быть свойство вида сущности, например pp_type_id и таблица-справочник pp_type - куда вы будете добавлять новый вид сущности, а не создавать новую таблицу.
Тогда запрос у вас будет выглядеть так:
SELECT u.*
FROM users u
where exists (select 1
from pp
where u.id = pp.id
and pp.organization = 1
and pp.pp_type_id in (1, 2) -- собственно, в таблице содержится все, что раньше находилось в pp1 и pp2, появилось поле, которое отличает разновидности записей
)
ORDER BY u.name
LIMIT 15
