Вот проектируя большой проект с нуля ты уже оперируешь не паттерновыми объектами а частами систем
Паттерны - это то что должно получаться на выходе, ими не проектируют. Просто ты можешь например сказать своему коллеге "слушай, для проверки прав на выполнение действий тут пожалуй RBAC слишком примитивно и неудобно... давай запилим механизм воутеров - тупо цепочка обязанностей которая возвращает Да, нет или не знаю" и коллега поймет как оно примерно должно выглядеть. А не пытаться впихнуть паттерн просто так.
Большие проекты начинают проектировать с более высокого уровня. Сначала принимают решение о том, какое разделение на слои у нас будет (для проектов со сроками жизни ~10+ лет имеет смысл позагоняться и вводить гексагональную архитектуру, для проектов со сроками жизни <= строк поддержки фреймворка можно не сильно париться), какие компоненты можно выделить, а уже потом дробить эти большие компоненты на компоненты поменьше.
Затем уже приступать к проектированию каждого отдельного компонента на уровне классов.
Так же если у нас сложная предметная область - проектируют модель предметной области. Обычно тут "паттерны" сами собой получаются тупо при снижении связанности между объектами.
> Собственно вопрос: существует ли сборник всех этих лучших практик?
вне контекста не бывает лучших практик, есть просто практики. В этом плане можно например Фаулера почитать, он очень качественно описывает практики, их плюсы и минусы.
В целом же я бы рекомендовал вам познакомиться поближе с принципами SOLID и GRASP. Последнее мало кто знает, но понимание, например, что такое высокое зацепление, сильно влияет на то, как вы будете проектировать систему.
