Как правильно и оптимально воспользоваться пакетными менеджерами для такой задачи?
никак, предоставляйте независимое приложение в виде готовых билдов (собранные tar.gz со всеми зависимостями, deb пакеты, docker-контейнеры).
основная мысль - ваш этот "встраиваемый компонент" на самом деле полноценное приложения, версии зависимостей которого вполне могут конфликтовать с проектом, в который оно будет интегрироваться. Что бы уменьшить количество проблем ваше приложение/модуль/компонент должно быть изолировано от основного приложения и просто предоставлять средства для взаимодействия. Исходя из задачи вам подойдет http api например.