В SVN клиенте просто не предусмотрено хранение более чем одной версии файла, отличной от текущей.
Ну как это не предусмотрено? Бренчи?
По существу — что мешает сделать бренч, в котором сделать все ваши изменения, после финализации которых сделать мердж с той самой веткой, которая немодифицирована? Вам все равно, изменялась ли немодифицированная ветка, у вас значительно больше 1 минуты времени, так как вы делаете мердж с определенными ревизиями. Но и это вам все равно не мешает сделать lock.