Фильтруете (array_filter()) массив с городами на предмет начала с буквы "К"
(mb_substr($e, 0, 1) == 'К'), после чего преобразовываете получившийся массив в строку, разделяя значения запятой ', ':

foreach ($city as $key => $value){
  echo $key . ': ' .  join(', ', array_filter($value, function($e){return mb_substr($e, 0, 1) == 'К'})) . '<br>';
}

Разобрался. Всё достаточно просто.
Я включил авторизацию на сервер по паролю, после чего сбросил пару ключей, которую генерировал при создании дроплета с помощью PuTTY по мануалу от digitalocean, после чего сгенерировал новые ключи по другому мануалу от них же, более простым и адекватным способом. Отправил их, как написано в мануале, на сервер, авторизовавшись по паролю. Теперь подключение к серверу и репозиторию через SSH проходит успешно.
Главное, о чем я ранее не догадался, ключи должны храниться в C:\Users\user\.ssh
Теперь можно отключить авторизацию по паролю.

Нужно либо добавить .overlay над содержимым страницы но под модальным окном и обрабатывать событие onClick по нему, либо обрабатывать событие клика по любому месту на странице и проверять, если клик был не по модальному окну, то скрывать это окно. Вот так:

window.addEventListener('click', function(){
  if (!event.target.closest('#myDIV')) {
    document.getElementById("myDIV").style.display = "none";
  }
});

var checkbox = $('.kap input[type="checkbox"]');
var kap = checkbox.is(':checked') ? checkbox.data('id') : 'Нет';

Вторая строка - это краткая запись if-else:

if (checkbox.is(':checked')) {
  var kap = checkbox.data('id');
} else {
  var kap = 'Нет';
};