python manage.py shellэто-то то тут при чем?
И как быть с полем last_seen_at? Оно ведь часто обновляться будет, а это перестраиванние индекса(ов)еще раз, надо реально смотреть какие запросы к тебе прилетают, какие из них проблемные, сколько их, и вот только на основе этих данных что предпринимать, может просто добавить индекс, может денормализовать базу, может прикрутить внешний кеш, вариантов куча.