Это не баг json, это неправильный(меня поправили, json всё таки валидный, другое дело, что после стандартной обработки, в структуре данных останется только один набор ключ-значение) формат как json, так и dict, не могут быть в словаре элементы с одинаковым ключом. Решения два, либо исправить этот момент на уровне генерации json (например использовать тут список пар или сразу объединят), либо писать свой парсер этого кривого json'a
ЗЫ еще можно попробовать что-то типа JSON Lines, может это формат так может, надо поизучать его возможности