Ну для начала. Стабильные ветка 1.6 и версия в ней 1.6.2. 1.7.9 — девелоперская ветка, не ставьте ее, если не понимаете что делаете.
А так, если работает, в имеющимся пакете нет уязвимостей(а в Debian он обновляется на предмет секурити-фиксов) и вам не нужен функционал ветки свежей, то пусть себе работает. Когда придет время обновлять дистрибутив, тогда и nginx обновится до версии, что будет в репозитории.
