Инсталяционные образы отличаются тем какой DE будет поставлен при установке. Репозитории общие и ничем между собой более они не отличаются. С одного из образов вы с диска поставите Cinnamon, с другого поставите Mate. При этом вы можете потом доставить и второе, и нормальные DE из репозиториев Ubuntu, не забывайте, что Mint это всего несколько пакетов своих DE, а все прочее там из нормального дистрибутива, просто авторам синдром Попова не давал покоя и хотелось назвать сборку двух DE дистрибутивом.
