Elsper

Очевидно дело в сортировка или глубине. Чтобы лучше понять причины тщательно сравни в инспекторе параметры темной клетки, на которой он стоит и красной клетки, которая его перекрывает.
То, в чем они отличаются и укажет на причину.

Так же сравнивай параметры позиционирования у персонажа, когда он стоит и когда начинается анимация.

По скриншотам вообще ничего непонятно, кроме того, что да происходит перекрытие.
Если не получится разобраться самостоятельно, кинь хотя бы скрины клеток, о которых я написал, в инспекторе

Ты создаешь массивы нулевого размера, в них просто нет места.
Массивы лучше использовать, когда ты заранее знаешь сколько у тебя объектов.

Если ты хочешь "резиновые массивы" используй List

Объявление

public List<GameObject> goCube = new List<GameObject>();

А добавление
goCube.Add(твой объект);

Это раз.
__
Чтобы получить ссылку на объект, который ты создал через метод Instantiate нужно получить его возврат
var CreatedObject = Instantiate(...);
И уже с этим CreatedObject работать (в твоем случае закидывать в List)

Это два.

Ты создаешь новый объект, о котором камера не знает.

Самое простое
в апдейте камеры после
if (player)
{
**
}
дописать
else FindPlayer(isLeft);

Правда это оставляет потенциал для ошибки на случай, если объекта на сцене так и не будет. Поэтому лучше чтобы LevelManager имел ссылку на камеру и вызывал FindPlayer, когда это надо, например в Respawn.

Плохо, что ты спрашиваешь вопрос с полностью выдуманным кодом.

"даю ссылку на префаб объекта в этот скрипт"
Надо давать ссылку на объект.

1) Или ищи тут. (Даешь ссылку или не тому объекту, или не на тот объект, или не даешь вовсе)
"Спавню различные объекты по нажатию ЛКМ, и даю ссылку на префаб объекта в этот скрипт"

2) Или вешай свой класс на префаб, не создавая промежуточный куб и обращайся сразу к GetComponent()
Только из апдейта его вытащи в Awake или Start например