проблема в параметре cwd (рабочая директория)
https://nodejs.org/dist/latest-v12.x/docs/api/chil...
При создании ярлыка проводником windows (и многими другими файл менеджерами) этот параметр прописывается в ярлыке по умолчанию как папка содержащая указанный .exe
В ноде же по умолчанию этот параметр берется из process.cwd()
https://nodejs.org/dist/latest-v12.x/docs/api/proc...
что соответствует рабочей папке Вашего node процесса
я не до конца понимаю, для чего он нужен в принципе
он задает "рабочую директорию процесса", все относительные пути используемые в запускаемой программе будут вычислены относительно этой директории
