@font-face по сути позволяет добавить шрифт в использование.

Верно, если шрифт указан в селекторе для элемента, или его родителя.

body {
  font-family: 'Computer Modern';
}

И желательно все-таки отделять правила CSS от HTML

<p class="some-class">Текст</p>

.some-class {
  font-family: 'Computer Modern';
  font-style: italic;
}

будет выглядеть аккуратней и с ним легче будет работать (стили меняете только в CSS, а в HTML только разметка)

Файлы css, js - это FrontEnd и логично было бы их разместить отдельно от вашего BackEnd (например, project/assets/{css/js/...}). По сути скрипт, который описывает методы для манипуляции БД является моделью, а ваши контроллеры будут дергать эту модель.

/assets/css/bootstrap.css

Нельзя просто взять и бросить пользовалю ссылку на файл в вашей файловой системе. Вы используете сервер, который прослушивает конкретный адрес и принимает запросы типа /css/style.css чтобы отдавать только то, что ему положено отдавать в рамках проекта.