Уточните вопрос. SSH ключи бывают у хоста и у пользователя. Пользовательский приватный ключ доступен пользователю, поэтому и подтверждает.
Ключ хоста доступен руту, но ssh демон запущен от рута.
По тому, как работает само подтверждение - подучите матан и почитайте что такое ассиметричный алгоритм.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%BB%D0%B5%D... 
