БД нужна там, где данных реально много и/или ими нужно оперировать.
Логи можно хранить и в файле (настроив ротацию) и в бд. Просто потому, что данные из логов достаточно редко анализируются.
Ключи для продажи сторятся в базе тупо для учёта, чтоб каждому Васе можно было показать какие ключи он купил.
Функция glob() в PHP? - тест 8-летней давности на выборку файлов по маске с директории в 200 000 файлов.
файловой системе фиолетово один файл в директории или 100500, на скорости прямого доступа к файлам это не отразиться.
а дальше все зависит от того, каким образом вы собрались организовывать поиск.