помимо системного чипсета дело еще может быть в контроллере USB (например, у меня часть портов обрабатывается системным чипсетом, часть обрабатывается отдельным чипом asmedia).
но самое вероятное (если учесть "скорость загрузки ОС и приложений была на порядок выше"), что на одном компе используется USB-2, а на втором USB-3.