Кирилл Казаков: сложно что-то говорить не видя кода и системы.
возможно, на одном из серверов данная пауза напросто не вызывается.
возможно, скрипт валится на совершенно другой команде.
и т.д. и т.п.
настройте крон на отсылку вывода на мыло и смотрите в чем причина.
