Алексей Денисов

Причин может быть множество.
Во-первых, различия в таргетинге. Помимо временных рамок - это может быть геотаргетинг и отрицательные корректировки на аудиторию, в которую Вы попадаете.
Во-вторых, бюджет. Если суточный или недельный бюджет уже израсходован или близок к тому. Если стоит распределённый режим показов или стратегия с недельным бюджетом.
В-третьих, давность активации кампании. Если кампания была запущена недавно или её только включили после остановки, то ей нужно время для начала показов.
В-четвёртых, нельзя исключать поведенческие корректировки, когда Яндекс не показывает или опускает объявления, если не считает Вас целевой аудиторией. Особенно если стратегия какая-нибудь по конверсии или рентабельности.
В-пятых, стоит проверить не стоит ли статус у этой фразы "мало показов", при котором она не будет показываться на поиске.
Наконец, в-шестых, бывают глюки у Яндекса. Если всё вышеописанное не относится к Вашей кампании, то попробуйте немного подождать или посмотреть выдачу через другое устройство.

Я бы не советовал. При должной настройке и установке сквозной аналитики автоматические стратегии самих систем рекламы дадут более надёжный эффект, так как обладают возможностью анализировать большее количество сигналов, делать это более оперативно и вмешиваться в каждый аукцион за отдельного пользователя. Грубо говоря, сами системы знают портрет каждого пользователя и знают как он может отреагировать на ваше предложение, а системы управления ставками работают только с запросами и вашим сайтом и не могут заглянуть по ту сторону аукциона.

Улучшать релевантность объявления, качество целевой страницы и увеличивать CTR - это первоначальные способы.
А дальше уже задуматься действительно ли вам нужны переходы именно по этим запросам, если они не окупаются.
И стоимость клика - не то же самое, что стоимость заказа. Может Вы сможете и при той же цене перехода уменьшить стоимость самого заказа.

Проверяют только наличие. С базами не сверяют.

Нет. Никакой автоматической группировки фраз в Яндекс.Директ нет.

Если пользователь хотя бы раз переходил по объявлению из Яндекс.Директ, то при этой модели атрибуции ему будет приписан именно Яндекс.Директ, даже если потом он переход с другой системы рекламы, с других сайтов, вообще с любых других источников.

Вы подобралось к ещё одному очень важному пласту рекламы в Яндекс.Директ, в котором она уже перестаёт быть только "контекстной".
С помощью целей, сегментов и подбора аудиторий Вы можете настраивать ретаргетинги (нацеливание на аудиторию, которая была на сайте), устанавливать усиливающие и ослабляющие ставки корректировки по аудиториям, исключать нежелательные показы и многое другое.
Конечно, вы также можете нацеливать рекламу в РСЯ только на ту аудиторию, которая достигла или, наоборот, не достигла какую-то из установленных целей на сайте. Например, аудиторию, которая добавила товары в корзину, но не оформила сам заказ. Это настраивается с помощью целей и сегментов в Яндекс.Метрике, а потом применяется в Яндекс.Директ.
Подробнее можно почитать в этом разделе справки:
https://yandex.ru/support/direct/impression-criter...

Во-первых, необходимо понять, что группы объявлений - это верхний уровень, контейнер. В этот контейнер помещаются фразы и объявления. Внутри контейнера фразы и объявления никак уже между собой не связаны. То есть по любой фразе в группе может быть показано любое объявление из этой группы. А если объявление в группе одно, то оно показывается по всем этим фразам из группы одинаково.
Во-вторых, чтобы в XLS-файле, который готовится для загрузки через Коммандер или интерфейс, разделить группы нужно использовать столбец "Номер группы". Все группы должны иметь уникальный порядковый номер.
В-третьих, попробуйте сначала завести кампанию через интерфейс. Создайте три группы объявлений, в каждую поместите свой набор фраз и свой набор объявлений. А потом выгрузите эту кампанию в XLS, чтобы уже на примере разобраться с шаблоном загрузки.

Если Вы используете инструмент оценки бюджета от Яндекса.
1. По умолчанию все значения прогнозируются на месяц. Прогноз основан на данных по рекламодателям за предшествующие 30 дней. То есть количество прогнозируемых кликов и показов, а также прогноз бюджета - это сколько Вы сможете гипотетически получить/потратить по этим запросам за 30 дней.
2. Объём трафика - это что-то вроде позиции на странице выдачи. Чем выше объявление на странице ответа по запросу пользователя, тем больше оно сможет получить кликов при одинаковом количестве таких запросов. Для простоты можете считать, что объём трафика 100 - это 100% кликов от возможного количества, 5 - 5%. Хотя если быть точным это не совсем так, но для упрощения подойдёт.
3. Выбирая по каждому запросу свой объём трафика вы получаете и свой прогноз кликов. Это количество кликов за 30 дней, соответственно если Вам хочется получить среднее количество за сутки, то делите на 30. Выберете объём трафика 100 - получите больше кликов, выберете 5 - меньше.

В Google особо не имеет смысла. Тем более внутри группы Вы и кросс-минусацию не сделаете.
В Яндексе можно выделять отдельные запросы только чтобы сделать более целевое объявление и более точную ставку с целью занятия конкретной позиции.

А что в этом смущает? Смотреть стоимость конверсии нужно на более длительных отрезках, а не на примере отдельных дней. Статистика на маленьких числах не репрезентативна.
Зависеть может от множества факторов. Начиная с того, что есть зависимость конверсии от дня недели. Например, мы все привыкли к тому, что в выходные количество заказов еды на дом возрастает, но не задумываемся о том, что привязка ко дню недели бывает и в других видах бизнеса. Так в понедельник деловая активность, конечно, выше, чем в пятницу.
В том числе и от работы стратегий и алгоритмов Яндекса. Которые, например, более активны в начале недели.
И вплоть до факторов влияния конкурентов. Поскольку и они могут изменять свои стратегии и ставки в зависимости от дня недели, своих бюджетов или фазы меркурия.
Не зря в Яндекс.Директ есть возможность добавлять коэффициенты ставок в зависимости от часа и дня недели. Вычисляйте те тенденции, которые есть у вас, добавляйте коэффициенты и считайте статистику хотя бы понедельно.

Обычно руководствуются двумя способами - хорошим и плохим, можете выбрать любой:
Плохой:
Использовать инструмент прогноза бюджета Яндекса и, вбив туда свои ключевые фразы узнать сколько примерно будет стоить переход на каждой позиции в поиске Яндекса. Можно ориентироваться, например, на объём трафика 62.
Хороший:
Посчитать какая стоимость заказа или продажи у Вас получается сейчас на сайте. Вычислить приблизительный уровень конверсии из перехода в заказ по другим источникам (если контекстная реклама ещё не использовалась). Использовать полученные цифры для вычисления количества переходов, которое даёт один заказ. Соотнеся это количество с приемлемой стоимостью заказа можно получить цену, которую Вы готовы потратить на эти переходы и на каждый из них в отдельности.

Вы хотите одно рекламное объявление на два сайта вести?