Danny Arty

Вопрос может ли наличие канонической ссылки вызвать такую ошибку? Если нет, то что может вызывать такую ошибку?

Hreflang лишь говорит поисковику, что у этого сайта/страницы есть несколько языковых версий, тем самым указывая на индексацию обеих версий сайта/страницы.

Но, допустим, у вас сайт на русском языке, а hreflang указывает на английскую версию сайта, у которой есть метатег robots с параметрами noindex,nofollow. Такие моменты вгоняют в ступор поисковые системы, поэтому в некоторых случаях может появляться такая ошибка, а в некоторых случаях игнорируется тег hreflang, что приводит к склеиванию страниц.

Потому что это краткосрочный токен и он действует лишь в течение 1 часа. Создание токен и обменяйте его на долгосрочный и попробуйте еще раз. Подробнее тут

Тогда делайте не 301, а 302 редирект, если он нужен прям. Тогда основной домен продолжит индексироваться поисковиками несмотря на редирект

Правки в плане стилей были? Если да, то можно просто изменить версию css-файла на сайте:
например было

<link rel='stylesheet' href='css/ styles.css' type='text/css' media='all' />

теперь сделайте так

<link rel='stylesheet' href='css/ styles.css?ver=2.0' type='text/css' media='all' />

Можете использовать сниппет pdoUsers

Как правильно изменять скрипт в файле user-profile.js?

Изменить код этого js-файла вы сможете только с помощью фтп или зайдя в панель управления хостинга.

Для чего используются переменные типа : "$toggleButton" в user-profile.js

Кнопка переключения...ну возможно переключение между аккаунтами

Ну смотря где это расположено.
Если все по феншую сделано, то скорее всего копирайт в чанке footer ищите div с class="copyright", а заголовок в чанке head ищите тег title

display: block; задай тексту

Почитайте про ajax подгрузку контента

Задайте live_period подробнее тут

Видимо в htaccess настроен 302 редирект с сайта с www на сайт без, хотя должна произвестись склейка доменов, путем настройки 301 редиректа с www на сайт без www.
Как настроить можете почитать тут