Вот примерно так я копирую убунту. Сначала создаю и форматирую раздел, а потом на него копирую файлы, чтобы избежать побитового копирования. Это я для перехода на SSD накрутил, отсюда и имя директории /mnt/ssd
mke2fs -t ext4 -E stripe-width=32,resize=50G /dev/sda1
mkdir /mnt/ssd
mount /dev/sda1 /mnt/ssd
sudo mount /dev/sdb1 /mnt/ssd/
sudo tar --create --one-file-system --file - `cat ~/root_files` |(cd /mnt/ssd ; sudo tar xvf -)
sudo mkdir /mnt/ssd/proc
sudo mkdir /mnt/ssd/sys
sudo mkdir /mnt/ssd/mnt
sudo mount --bind /dev /mnt/ssd/dev
sudo mount --bind /proc /mnt/ssd/proc
sudo mount --bind /sys /mnt/ssd/sys
sudo chroot /mnt/ssd/
update-grub
grub-install /dev/sdb
exit
sudo umount /mnt/ssd/dev
sudo umount /mnt/ssd/proc
sudo umount /mnt/ssd/sys
sudo umount /mnt/ssd/
