Попробуйте разделить компоненты по их сути:
1. Атомы\блоки - неделимые компоненты, части других компонентов с минимальным набором характеристик. Выполняют одну единственную задачу.
2. Контейнер - компоненты, которые появляются один раз на странице. Шапка, футер, навигация, это всё сюда.
3. Самостоятельные компоненты - сгруппированные компоненты, отражающие суть задачи, которую они решают.
В итоге структура может выглядеть так:
atoms
--button
--textInput
container
--header
--footer
--mainNav
layout
--columns
--grid
--inline
overlays
--overlay
users
--userName
--userAvatar
--userItem
От БЭМ совсем отказываться не стоит, он сэкономит вам кучу времени когда нужно будет что-то поменять в компонентах через месяц и больше.
