Попробуйте код функции изменить на:
function theme_register_nav_menu() {
register_nav_menu( 'header-menu', 'Моё супер-меню' );
}
add_action( 'after_setup_theme', 'theme_register_nav_menu' );
Потом в админке - Внешний вид -> Меню -> Добавить новое
Назовите его как хотите и внизу, около кнопку опубликовать будут галочки, среди которых будет "Моё супер-меню" - щелкните и сохраните. Теперь в теме будет выводиться это меню
