Это два РАЗНАХ порта! 9990 для администрирования, а на 8080 стандартно байндится веб-коннектор, т.е. тот, через который пользователь будет получать доступ к веб-прилиожению. В Идее ничего не нужно менять - она изначально сама знает правильные нужные порты сервера.
Exception в логе сервера говорят всего лишь о том, что у процесса нет прав на запись в ПАПКЕ (/opt/wildfly/standalone/log/), где он должен писать логи. Процесс (Идея и, соответственно, JVM, в которой она запускает Wildfly) стартуют от имени пользователя alex, который в Убунте стандартно не может вот так вот просто писать в /opt, что есть умно и правильно. Соответственно, есть два варианта решения.
1. Инстанцию WIldfly для разработки развернуть в папке, к которой у пользователя есть доступ на запись, например, в /home/alex/wildfly . (В /opt сервер устанавливается по умолчанию, т.к. предполагается, что он будет использоваться, как боевой).
2. Перенаправить логи сервера туда, где им, собственно, место в продакшен, например, в /var/log/...
Который из путей выбирать, решайте сами. Второй вариант, теоретически, более правильный, но т.к. доступ на запись к логам - далеко не единственный аспект настройки безопасности, там дальше еще много чего полезет. Так что для того, чтоб начать знакомство с, собственно, разработкой JEE приложения, первый вариант проще и эффективнее. Например, эту рабочую инстанцию Wildfly всегда можно прибить, заменив чистой копией, чтоб убедиться, что приложение деплоится правильно само по себе, без всяких когда-то случайно сделаных и потом успешно забытых допиливаний сервера.
