Влад, с git проблем быть не должно, они в проектах же лежат .git все файлы для его работы.
Ставите 5.5 работаете с базой, например накат дампа, меняете обратно и пилите проект, можно ещё старый пма поставить, он должен требовать ниже версию. Можете даже с оф сайта скачать или с их репа старый пма и закинуть прям в проект в папку pma, должно работать