Обьясняю.
Скажу сразу, что понятния не имею, что такое КриптоПро и зачем оно, но электронная подпись скажем сообщения электронной почты выглядит так:
- Некий CA, которому доверяют и отправитель и получатель (это критичное условие) выпускает сертификат Иванову Ивану Ферапонтовичу.
- Иван Ферапонтович настраивает свою почтовую программу (например Thunderbird), чтобы она подписывала все исходящие сообщения.
- Используя свой ключ сертификата, Иван Ферапонтович формирует электронную подпись, которая не защищает текст письма от прочтения, но защищает от изменения. То есть, если в текст письма будет внесено изменение - подпись не сойдется и появится соответствующее оповещение. После этого письмо отправляется
- Получатель проверяет корректность письма, используя сертификат Ивана Ферапонтовича, который может передаваться вместе с письмом. Если подпись сошлась - получатель видит значок "корректная электронная подпись"
Самое главное здесь - чтобы и отправитель и получатель доверяли сертификатам, используемым для подписи. Если КриптоПро - это некий госсертификат - то его можно использовать для подписи по крайней мере для того, чтобы подписывать сообщения