Если дистриб из тега, то в бубунте, как и в любом другой пакетном дистрибе, категорически противопоказано ставить программы вручную - от этого она перестает быть похожей на винду по дружественности и становится похожей на нормальный линух :D
А если серьезно, то при этом не учитываются зависимости и при обновлении пакетов программа не будет обновлена. Если это Ваша собственная программа - конечно ничего страшного, а если чужая - лучше поискать пакет. Ну или для хардкорщиков - собрать его самому, например на основе предыдущей версии.
Если пакета нет, то имейте в виду, что типового layout-а, которому все обязаны следовать нет. Есть некие общие соглашения - в /bin самые необходимые бинарники, в /usr/bin - менее необходимые, в /opt - опциональные компоненты, в /usr/local/bin - то, что было собрано вручную... но никто не обязыват Вас им следовать :)