CityCat4

Никаких "рабочих столов" на бубунте на VPS быть не должно. openssh там уже есть и даже наверняка запущен, на винде хорошо работает XShell (бесплатно для домашнего или некоммерческого применения), есть бесплатный putty.

cp certfile.crt /etc/ssl/certs
cp certfile.key /etc/ssl/private
cd /etc/ssl/certs
ln -s certfile.crt `openssl x509 -hash -noout -in certfile.crt`.0

Я смог по инструкциям на httpd.apache.org осуществить компиляцию и инсталляцию Apache,

Не надо так делать. Такие вещи для тех, кто понимает, что делает.

Вам - делать все только через пакетный менеджер - он сам все поставит и сам создаст все папки с нужными правами. Не, конечно Вашу работу можно довести до ума - упорным чтением манов о том, как устроен UNIX, как в нем назначаются права etc. - это тоже прикольно, но долго.

Вам перевести? :)

"Информация об обновлениях устарела. Это может быть вызвано проблемами с сетью или репозиторием, который больше недоступен. Пожалуйста обновите ее вручную, нажав кнопку "Show updates" (Показать обновления) из указанного меню и проконтролировав наличие недостпуных репозиториев"

Стоит задача - решайте.

В гугле полно инфы, надо только понять, как поставить вопрос. Бэкап на файловом уровне можно сделать зиллионом способов.

Небезопасно. Ну просто крайне небезопасно. Этот финт ушами Вам пардон, зачем? Из-за того, что /usr/local входит в PATH? Добавьте, что надо.

На ноутах линух может работать очень привередливо. Какой DE, какие там настройки мыша, было ли это изначально или стало после чего-то?

VDS - это собственная виртуалка и как и везде есть свои плюсы и минусы :)
Плюсы - никто не указывает сколько сайтов держать и какую версию того или иного пакета поставить
Минусы - все делать самому. Установка и обновление, бэкап и разбэкап и все прочие задачи - все сам. Если есть что-то ценное, сразу рекомендую освоить dump/restore на локальную машину (dump позволяет дампить live filesystem)
По бубунте зиллион манов - она же нубская, поэтому манов по ней куда больше чем по другим дистрибам.

Требует авторизацию с логином и паролем?

А Вы знаете, что значат слова "VPN", "SSL" и "домен"? :) По вопросу явно видно что нет.

Линух - это не винда, даже такая обезьянья вещь, как бубунта - она каких-никаких мозгов требует. Здесь нет и не бывает "пошаговых инструкций для дебилов". Либо разбирайтесь сами, либо нанимайте кого-то.

Никак.

Это примерно как картинка в растре и в векторе. Векторная картинка (doc) легко переведется в растровую (pdf), а вот обратно растровая в векторную... ну, есть трассировщики, но результаты их работы, прямо скажем, #опа...

Добавить сертификат (надо полагать самоподписанный), в хранилище доверенных сертификатов и сделать на него соответствующий линк таким образом:

ln -s certname.crt `openssl x509 -hash -noout -in certname.crt`.0

Где в бубунте хранилище доверенных сертификатов - я не знаю. Обычно оно в /etc/ssl/certs, но вот в el6 оно например в /etc/pki/tls/certs

Потому что единственный надежный VPN - это VPN, построенный своими руками. VPN, построенный с помощью какого-то левого приложения - это примерно то же самое, что "Крякер интенета" - он что-то делает, выдает какой-то результат, но этот результат - он совершенно никчемный. Какой-либо гарантии, что этот VPN кого-то от кого-то защитит - нет никакой от слова совсем.
Это просто срубание бабла на хайповой теме.
Если не понимаешь, как VPN работает - ты хоть обвешайся клиентами, а все равно будешь светить голой жопой реальным IP в тырнете. Потому что у разрабов этих клиентов цель - не защитить тебя, а денег заработать.

Примерно так выглядит запрос в гугл о том, что такое адрес 127.0.0.1:
Окей, Гугл, что такое 127.0.0.1?
(Хинт: 127.0.0.1 - это специальный адрес, трафик на который никогда не покидает локальный компьютер)

/etc/shells - это перечень допустимых на данной системе шеллов, не обязательно существующих. Шелл - хоть руту, хоть коню - задается в /etc/passwd, в последнем поле. Чтобы его править, ессно нужны права рута.

% su -l
# vi /etc/passwd

(разумеется, юзер, который это выполняет, должен иметь права выполнить команду su)

Команды не "слетают". Команда выполнилась - и все, она не демон, чтобы висеть. Значит, выполняется другая команда, которая правит права после того, как отработала эта команда.